Em alguns casos, sim, mas nem sempre.
Uma bateria 18650 é uma bateria cilíndrica de íons de lítio normalmente usada em dispositivos eletrônicos, como laptops e ferramentas elétricas. Possui tensão nominal de 3,7 volts e capacidade em torno de 2.500 mAh.
Uma bateria 16340 também é uma bateria cilíndrica de íons de lítio, mas é menor que uma bateria 18650. Possui tensão nominal de 3,7 volts e capacidade em torno de 700 mAh.
Para substituir duas baterias 16340 por uma bateria 18650, a bateria 18650 deve ter tensão de 7,4 volts e capacidade de pelo menos 1.400 mAh. Isso porque as duas baterias 16340 em série terão tensão de 7,4 volts e capacidade de 1.400 mAh.
Se a bateria 18650 não tiver a tensão ou capacidade necessária, não será possível substituir as duas baterias 16340.