Mesmo que sua organização tenha pesquisado os benefícios e vantagens de usar um supercomputador para resolver problemas difíceis e complicados, você descobrirá que os supercomputadores também apresentam algumas desvantagens. Quanto maior e mais poderoso for o supercomputador, mais infraestrutura e manutenção serão necessárias para realizar os cálculos que você pretende realizar.
Armazenamento e largura de banda
Os pesquisadores usam supercomputadores para trabalhar com enormes conjuntos de dados que eles processam em alta taxa enquanto geram quantidades cada vez maiores de dados adicionais, como quando os cientistas trabalham na previsão do tempo ou simulam detonações de bombas nucleares. Uma desvantagem é que os supercomputadores exigem unidades de armazenamento externas maciças cuja largura de banda é rápida o suficiente para acomodar os dados que estão sendo analisados e produzidos. Se o armazenamento e a largura de banda não puderem acompanhar o fluxo de dados, o supercomputador não poderá trabalhar em sua capacidade total.
Manutenção e suporte
Os sistemas de supercomputadores são construídos conectando várias unidades de processamento e podem exigir grandes salas para armazená-los. O grande número de processadores emite mais calor do que os computadores padrão, o que é uma desvantagem porque eles exigem uma infraestrutura de resfriamento. O supercomputador também precisa de software para monitorar como é usado e detectar falhas, e uma equipe de suporte maior do que a típica para administrar e dar suporte ao computador, seu armazenamento externo e rede de alta velocidade.
Custo
Um supercomputador que pode simular a localização de potenciais depósitos de petróleo ou o progresso de várias permutações de um sistema de furacões pode custar muito dinheiro, o que pode ser uma desvantagem se sua organização precisar trabalhar com um orçamento limitado. Por exemplo, um supercomputador IBM Watson" custa cerca de US$ 3 milhões, de acordo com a revista Computerworld. O Fujitsu's K Computer para o Riken Advanced Institute of Computational Science em Kobe, Japão, custou US$ 1,2 bilhão para ser construído e requer US$ 10 milhões por ano para custos operacionais, segundo para o Atlântico.
Tempo de processamento
Ao contrário dos computadores desktop comuns que podem terminar de calcular um problema em poucos minutos ou da noite para o dia, os supercomputadores trabalham em tarefas que exigem cálculos intensivos que podem levar períodos extremamente longos para serem concluídos. Por exemplo, um supercomputador pode passar meses realizando cálculos para apoiar pesquisas sobre mudanças climáticas ou para ajudar a curar uma doença, apresentando uma desvantagem para pessoas que têm pressa de resultados rápidos.